Filiala din Cluj-Napoca a Academiei Române a luat fiinţă în anul 1949, în contextul restructurărilor care aveau loc atunci la nivelul înaltului for ştiinţific şi de cultură şi al învăţământului superior românesc. Legea învăţământului din 1948 şi crearea noii Academii, a R.P.R., în acelaşi an, au determinat scoaterea din sistemul universităţilor a institutelor de cercetare ştiinţifică, înfiinţate în perioada interbelică în cadrul celor patru universităţi existente în România (Bucureşti, Iaşi, Cluj şi Cernăuţi) şi organizarea lor ca institute independente, ele primind exclusiv sarcini de cercetare științifică. Dacă în Bucureşti, unde funcţiona sediul Academiei Române, institutele respective au devenit de sine stătătoare, având personalitate juridică până astăzi, în centrele universitare din Iaşi şi Cluj s-au înfiinţat Filiale ale Academiei Române, cărora le-au fost subordonate institutele de cercetare ştiinţifică, aflate până atunci în componenţa universităţilor din centrele respective.
După Marea Unire din 1918, la Cluj, Universitatea românească se aşeza temeinic, iar institutele universitare de cercetare aveau drept directori personalităţi ştiinţifice recunoscute în planul vieţii ştiinţifice româneşti, europene şi universale, fiind membri ai Academiei Române. Rolul acestor institute de cercetare a fost esențial pentru noile evoluții din România interbelică. Cercetarea ştiinţifică desfăşurată în principalul oraş al Transilvaniei în perioada interbelică a contribuit în mare măsură la reducerea decalajului existent între cercetarea românească şi cea din planul european, apropiindu-se de aceasta deopotrivă prin problematica cercetării, prin metodologie şi modalităţile de valorificare a rezultatelor obţinute. Periodicele ştiinţifice româneşti apărute la Cluj au făcut cunoscute lumii ştiinţifice din ţară şi din străinătate reuşitele cercetărilor întreprinse, încercându-se astfel integrarea acestora în aria de investigare de la nivelul continentului.
În anul 1949, institutele universitare sunt arondate Filialei din Cluj a Academiei. Erau, astfel, consolidate la Cluj, din punct de vedere instituţional, cercetarea ştiinţifică şi creaţia cultural-artistică, acestea fiind incluse în sistemul Academiei Române. Cadrul instituţional creat a fost benefic întregii activități ştiinţifice din Transilvania, fiind în continuare promovate și legăturile cu Universitatea. Filiala Academiei şi-a primit drept sediu clădirea de pe str. Republicii nr. 9, un edificiu construit în stil eclectic, în care funcţionează şi astăzi. Noua structură avea în subordine Institutul de Lingvistică, creat în anul 1919 de către Sextil Pușcariu, membru al Academiei Române, sub denumirea de „Muzeul Limbii Române”, a cărui principală sarcină ştiinţifică era elaborarea Dicţionarului tezaur al Limbii române; Institutul de Istorie, înfiinţat în 1920 de Ioan Lupaș şi Alexandru Lapedatu, membri ai Academiei Române, avea numele de „Institutul de Istorie Naţională”, fiind primul din acest domeniu din ţară; Institutul de Speologie, înfiinţat în anul 1920 de savantul Emil Racoviță, membru al Academiei Române, era o premieră mondială a domeniului, având în vedere cercetarea şi studierea complexă a peşterilor din România.
În anii care au urmat actului de constituire a Filialei, au fost înființate sau integrate și alte institute de cercetare implicate în investigarea unor probleme fundamentale ale științei românești. Astfel au fost afiliate Colectivul de Geografie (fondat în 1947), parte componentă a Institutului de Geografie a Academiei Române din București, dedicat cunoașterii detaliate a spațiului geografic românesc, îndeosebi a celui transilvănean, și, din 1951, Observatorul Astronomic (fondat în 1920). Tot în 1951 a fost înființat Institutul de Calcul „Tiberiu Popoviciu”, în cadrul căruia au fost puse bazele analizei numerice pe plan național, și au fost proiectate unele dintre primele calculatoare din țară (MARICA, în 1959, DACICC-1, în 1963, primul calculator românesc cu tranzistori şi cu memorie internă diferite, și, în 1968, DACICC-200, primul calculator românesc cu sistem de operare şi compilator). Ca secție a Bazei de Cercetări Științifice a Academiei Române a fost creat, în 1957, Institutul de Cercetări Socio-Umane „Gheorghe Șincai” din Târgu-Mureș, destinat studierii istoriei din spațiul central și sud-estic al Transilvaniei. După mai multe restructurări instituționale, în 1965 a intrat în subordinea Filialei Secția de Etnografie și Folclor (fondată la Cluj, în 1930, sub numele de „Arhiva de Folclor a Academiei Române”), posesoarea celui mai bogat fond de manuscrise folclorice din țară. Ultimele unități de cercetare care s-au alăturat Filialei au fost Institutul de Arheologie și Istoria Artei, creat în 1990 prin hotărâre guvernamentală, și, din 2007, Centrul de Studii Transilvane, continuatorul unei prestigioase tradiții interbelice, „Centrul de Studii și Cercetări privitoare la Transilvania”, înființat în 1942 în cadrul Universității „Regele Ferdinand I”.
Preşedinţii Filialei clujene a Academiei au fost personalităţi remarcabile ale vieţii ştiinţifice româneşti, care şi-au desăvârşit pregătirea ştiinţifică în principalele centre academice din Europa acelei vremi. Primul preşedinte a fost acad. Emil Petrovici, renumit lingvist, cel care coordona cercetările pentru finalizarea marii lucrări care a fost Dicţionarul Limbii Române. Academicianul şi profesorul Emil Petrovici a condus Filiala în cei dintâi ani din existenţa ei, având meritul de a fi aşezat bazele acesteia.
În anul 1950, a luat fiinţă Biblioteca Academiei din Cluj, în care au fost adunate importante fonduri de manuscrise şi carte tipărită din vechea bibliotecă a Blajului, în condiţiile în care aceasta era ameninţată atunci cu distrugerea, după desfiinţarea abuzivă a instituţiei Bisericii Greco-Catolice din România, precum şi alte fonduri de bibliotecă. Prin străduinţele acad. David Prodan au fost astfel salvate importante valori ale creaţiei cultural-ştiinţifice româneşti, în primul rând cele datorate Şcolii Ardelene. Acestea, la care s-au adăugat şi alte importante fonduri arhivistice şi de bibliotecă existente atunci în oraşul Cluj, au putut fi ordonate, inventariate şi puse la îndemâna cercetătorilor din ţară şi deopotrivă din străinătate, interesaţi de istoria şi evoluţia culturii româneşti.
În deceniile şase şi şapte ale secolului trecut, Filiala Academiei din Cluj-Napoca s-a consolidat, cu deosebire sub preşedinţia acad. Raluca Ripan, care s-a implicat stăruitor în ridicarea edificiului corespunzător pentru Institutul de Chimie al Academiei, din Cartierul Grigorescu şi respectiv al Bibliotecii Academiei Române din str. M. Kogălniceanu nr. 12–14. Noua clădire a Filialei din Cluj a Bibliotecii Academiei Române, care a fost în măsură să împlinească exigenţele unei instituţii moderne, a devenit una din marile şi principalele biblioteci documentare din România, un preţios tezaur de carte şi manuscrise româneşti, europene şi orientale şi, totodată, un important laborator de creaţie ştiinţifică, fiind frecventată de numeroşi cercetători din ţară şi din străinătate.
Preşedintele Filialei Academiei, acad. Victor Preda, a contribuit la edificarea, în vecinătatea Grădinii Botanice a Universităţii din Cluj, a clădirii Centrului de Cercetări Biologice, în vederea studierii florei şi faunei Transilvaniei şi a administrării rezervaţiilor naturale din această parte a ţării, îndeosebi a celei din Munţii Retezat. Legăturile ştiinţifice dintre cercetătorii Filialei din Cluj a Academiei şi cei din străinătate se intensifică acum, în beneficiul tuturor părţilor.
Schimburile interacademice primesc o nouă dezvoltare în timpul preşedinţiei acad. Ştefan Pascu, care îndeplinea şi funcţia de decan şi apoi rector al Universităţii Babeş-Bolyai din Cluj-Napoca. În această perioadă, respectiv în anii ’70–’80 a secolului trecut, s-a înregistrat un relativ progres în privinţa cercetării ştiinţifice şi a legaturilor cu lumea ştiinţifică europeană. Din păcate, spre sfârşitul mandatului său, în contextul efectelor tor mai vizibile de izolare şi ideologizare practicate de către regimul ceauşist, aceste legaturi au stagnat.
Schimburile interacademice au fost reluate în condiţiile noi de după 1989 şi intensificate după 1994, când preşedinte al Filialei clujene a Academiei Române a fost ales acad. Ionel Haiduc. Acum s-au aşezat mai bine institutele şi proiectele lor de cercetare în sistemul academic românesc. În urma schimbărilor revoluţionare care au avut loc după anul 1989, Filiala Cluj-Napoca a Academiei Române şi-a consolidat poziţia în sistemul de cercetare ştiinţifică din România şi a dezvoltat proiecte de anvergură de nivel naţional. S-au intensificat legăturile Institutelor Filialei clujene cu institute de cercetare ştiinţifică din străinătate.
Sub preşedinţia acad. Camil Mureşanu este de menţionat lărgirea schimburilor interacademice şi a participării cercetătorilor din Filială la lucrările comisiilor mixte româno‑slovace, româno-ungare, româno-ruse ş.a. În timpul mandatului său s-a ridicat edificiul din str. M. Kogălniceanu, nr. 12–14 care, din 2010, adăposteşte sediul Institutului de Istorie „George Bariţiu”, al Institutului de Arheologie şi Istoria Artei, precum şi al Centrului de Studii Transilvane.
Din 2010, sub preşedinţia acad. Emil Burzo, Filiala din Cluj-Napoca a Academiei Române şi-a consolidat identitatea, contribuind în chip major la dezvoltarea culturală şi ştiinţifică, la progresul general al societăţii româneşti. Academia Română, prin Filiala din Cluj-Napoca, este o prezenţă vie şi activă, în inima Transilvaniei, prin activitatea ştiinţifică şi culturală a institutelor sale, prin bogata activitate editorială, prin editarea de carte ştiinţifică şi numeroase periodice de specialitate. Proiectele de cercetare fundamentală şi prioritară în care au fost antrenate, contribuţiile Institutelor şi ale Filialei la realizarea acestora au fost de natură să pună în valoare şi să demonstreze potenţialul ştiinţific din această parte a ţării, să-i sporească eficacitatea în scopul dezvoltării generale.